高效液相色譜儀的原理是利用不同待分離物質在兩相中的親和力差異，如分配系數、吸附容量等。利用外力，含有樣品的流動相（氣體、液體）通過固定在柱或平板上的固定相表面，該固定相與流動不相溶。當流動相中攜帶的混合物流經固定相時，混合物中的組分與固定相相互作用。
液相色譜法只要求樣品能制成溶液，不受樣品揮發性的限制，流動相可選擇的范圍寬，固定相的種類繁多，因而可以分離熱不穩定和非揮發性的、離解的和非離解的以及各種分子量范圍的物質。與試樣預處理技術相配合，HPLC所達到的高分辨率和高靈敏度，使分離和同時測定性質上十分相近的物質成為可能，能夠分離復雜相體中的微量成分。隨著固定相的發展，有可能在充分保持生化物質活性的條件下完成其分離HPLC成為解決生化分析問題很有前途的方法。由于HPLC具有高分辨率、高靈敏度、速度快、色譜柱可反復利用，流出組分易收集等優點，因而被廣泛應用到生物化學、食品分析、醫藥研究、環境分析、無機分析等各種領域。液相色譜儀與結構儀器的聯用是一個重要的發展方向。液相色譜-質譜連用技術受到普遍重視，如分析氨基甲酸酯農藥和多核芳烴等；液相色譜-紅外光譜連用也發展很快如在環境污染分析測定水中的烴類，海水中的不揮發烴類，使環境污染分析得到新的發展。
為了保證高效液相色譜儀使用的穩定性，我們對于設備使用環境是有一定要求的，包括：通風、照明、供電、環境溫度和濕度以及潔凈度，其中：
1、通風：使用液相色譜儀分析過程中，由于流動相中含有揮發性有機溶劑會產生有害氣體，對儀器中的光學元件帶來腐蝕，應注意儀器室的通風，以排除室內有害氣體、保持空氣清新。通風主要有兩種方式：一種自然通風，定時打開門窗，讓內外空氣對流；另一種是強制通風，如用通風柜、排風扇等，及時將有害氣體排出室外；
2、照明：室內照明要光線適中，避免陽光直射。為避開直射光線對儀器操作、觀測的影響，儀器（顯示屏）應側向光線。實驗室窗戶要掛窗簾，以便隨時調節光照強度；
3、供電：液相色譜室應設有照明電源和動力電源，動力電可供儀器運行使用。為減少噪音的干擾，產品應遠離瞬時供電的大功率電器設備，如大型電動設備、電梯、空調系統等。為保證HPLC輸液泵的精度，必須要保證穩定的輸人電壓，為此，建議色譜室應設有和儀器負荷相當的穩壓電源；
4、環境溫度和濕度：適宜的溫度和濕度是保障HPLC儀正常運行、性能穩定的必要條件。一般要求室溫在20一30℃之間，日溫度變化2一3℃，不要波動太大，否則，在開機分析時會影響色譜分離，夏季一定要控制室溫不要超過30℃，溫度太高會使流路系統產生氣泡，影響檢測器的正常工作。室內相對濕度應控制在60%以下；
5、潔凈度：懸浮于空氣中的顆粒物質會對色譜儀器分析帶來干擾，使本底和噪聲升高，成為分析測試的污染源，直接影響高純物質的純度與痕量雜質的分析。
